En 1987 el rector de la Universidad de Alcalá, D. Manuel Gala fundó el Centro de Estudios Norteamericanos (CENUAH), ubicado en el Colegio de León hasta su posterior traslado al Colegio de Trinitarios, su localización actual, en el centro de la ciudad de Alcalá de Henares, Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO, junto a la Universidad de Alcalá.

El Colegio Trinitarios fue construido en la primera mitad del siglo XVII como convento de la orden de los Trinitarios Descalzos. En 1839, pasó a ser propiedad de las fuerzas armadas españolas y se convirtió en un cuartel de artillería. En 1994, la Universidad de Alcalá recuperó el edificio y lo rehabilitó para adecuarlo a sus actividades académicas actuales.

En 2001 se convirtió en Instituto Universitario de Estudios Norteamericanos (Decreto 15/2001 de 1 de febrero; BOCM 8 de febrero del 2001, nº33, p.10), lo que supuso tanto un reconocimiento a la investigación realizada como un impulso a la ejecución de proyectos de mayor trascendencia.

En 2009 el Instituto incorporó el nombre de Benjamin Franklin a su anterior denominación Instituto Universitario de Investigación en Estudios Norteamericanos de la Universidad de Alcalá, comenzando a ser conocido como Instituto Franklin-UAH.

En 2010 creó su Consejo Asesor formado por empresarios y profesionales externos de la Universidad con objeto de potenciar el papel social del Instituto, consecuencia de ello fue la instauración en 2012, coincidiendo con el 25 aniversario de la fundación del Instituto, del Galardón Camino Real.